‘Tidsmaskinen på Christianshavn’ handler om den Bornholmske kaptajn Kofoed, som i 1785 opførte den smukke, gule gård i Overgården neden Vandet for sin formue. Om hans enke, der blev en af byens mest generøse skikkelser. Om unge Peter Heering, der flyttede ind med sin madmors gamle opskrift på kirsebærlikør og skabte et verdensfirma. Om familiens fire generationer af sønner, der altid vidste, hvad der forventedes af dem, lige indtil den dag det hele brast. Om banken, der tog over. Om den filantropiske fond, der bor i huset i dag. Heerings Gaard på Christianshavn er som en maskine, tiden strømmer igennem. Den ene generation efter den anden er født bag de høje vinduer. Træer er plantet og fældet på kanalgaden foran. Dominerende naboer kommet og forsvundet. Huse er revet ned og bygget op, gader opslugt. Storkøbmænd er blevet mægtige – og gået fallit. Fangeoprør er slået ned rundt om hjørnet, og koleraen har hærget i de usle baggader. Bomber er faldet få meter fra porten, og overfor slog ungdomsoprøret ud i lys lue.
Midt i strømmen af begivenheder og omvæltninger ligger Heerings Gaard, og herfra tager historien sit udgangspunkt.